Eine rätselhafte Raumsonde wird in Atlantis gefunden. Colonel Sheppard ist überzeugt, dass von ihr Gefahr für die Station ausgeht. Er soll Recht behalten: Die Sonde zerstört sich in Dr. McKays Labor selbst und verursacht eine riesige Explosion. Danach häufen sich in Atlantis mysteriöse Ereignisse. Was Sheppard besonders beunruhigt: Er verfügt plötzlich über rätselhafte Selbstheilungskräfte.