Sonic und seine Freunde, Knuckles und Tails, stehen vor einer neuen Herausforderung. Der mysteriöse schwarze Igel Shadow ist wie aus dem Nichts aufgetaucht und hinterlässt, mit seiner ungezähmten Kraft und seiner blinden Wut eine Schneise der Verwüstung. Um ihn zu bezwingen, brauchen sie Verbündete.