John Doggett erwacht ohne Gedächtnis irgendwo in Mexiko. Während Reyes, Scully und Direktor Skinner in den USA versuchen zu rekonstruieren, was mit ihm geschehen ist, wird John von der mexikanischen Polizei ins Gefängnis geworfen. Dort stößt er einen Helfer, der ihm zur Freilassung, aber nicht zur Freiheit verhilft.