Im Jahr 2065 wird die Erde von phantomartigen Aliens überrannt. Dr. Aki Ross, eine brillante Wissenschaftlerin, sucht verzweifelt nach einer Lösung, um diese zu besiegen. Gemeinsam mit einer Eliteeinheit unter der Führung ihres alten Freundes Captain Gray Edwards, schließt sie sich einer Mission an, die das Schicksal der Welt entscheiden könnte. Doch der skrupellose General Hein setzt auf Zerstörung um jeden Preis. Der Science-Fiction-Film des japanischen Regisseurs Hironobu Sakaguchi beeindruckt als erster vollständig computeranimierter Kinofilm mit fotorealistischen Figuren.