Rasend schnell verbreiten sich die Thesen Luthers im Land. Auch der junge Pfarrer Thomas Müntzer (Wolfgang Stumpf) ist davon begeistert. Zu jener Zeit lernt er als Beichtvater in einem Nonnenkloster Ottilie von Gersen (Margarete Taudte) kennen, seine spätere Frau. 1523 tritt er in Allstedt (heute im Landkreis Mansfeld-Südharz) eine Pfarrstelle an. Wie überall sind auch hier die Bauern mit ihrer Situation unzufrieden. Thomas Müntzer mischt sich ein, als der Bauer Hans Buss (Heinz Gies) verhaftet werden soll, der nur seine Schwester Bärbel (Ruth Maria Kubitschek) verteidigt hat. Der Graf von Mansfeld (Gerhard Bienert) hört erstmals den Namen Thomas Müntzer.
Wenig später hält Müntzer vor begeisterten Massen eine Predigt in Deutsch. Die Bauern zerstören, von seinen Worten aufgewiegelt, Heiligenbilder, brennen eine Kirche nieder und greifen die Soldaten des Mansfelder Grafen an. Die Rädelsführer werden verhaftet. Müntzer folgt nicht länger Luther, der einen Aufruhr ablehnt, er sieht einen Kampf als unumgänglich. Als Symbol für das Bündnis, das Thomas Müntzer künftig anführen wird, näht seine schwangere Frau eine Fahne mit einem Regenbogen.
Kurz darauf wird Müntzer vom Kurfürsten Johann von Sachsen (Friedrich Richter) aufgesucht. Die neugierigen Fürsten möchten, dass er ihnen predigt. Als Müntzer in seiner Predigt jedoch die Fürsten heftig ermahnt, den Bauern nachzugeben, reisen sie ab und bestrafen die verhafteten Bauern. Müntzer flieht mit dem Schwabenhannes (Wolf Kaiser), einem schwäbischen Bauern, aus Thüringen nach Süddeutschland.
Doch von Heimweh geplagt, eilt Müntzer zurück, als ihn Heinrich Pfeiffer (Martin Flörchinger) nach Mühlhausen ruft. Hier kommt es erneut zu Kämpfen, bei denen viele Bauern sterben. Die Fürsten sind bereit, die Aufständischen zu begnadigen, wenn sie ihnen ihren Anführer ausliefern. In Frankenhausen kommt es zur entscheidenden Schlacht.