Bisher konnten die Bewohner von Atlantis die Umgebung der Stadt noch nicht nach Sturmschäden überprüfen. Nun macht sich Dr. McKay (David Hewlett) mit einigen Kollegen auf den Weg. Doch plötzlich sterben zwei seiner Männer. Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) vermutet sofort einen Zusammenhang mit dem von McKay entdeckten, mysteriösen Labor der Antiker außerhalb von Atlantis. Offenbar sind die Toten dort mit einem rätselhaften Virus infiziert worden.